本署設下列組、室：

• 一、綜合規劃組，分五科辦事。
• 二、通報應變組，分四科辦事。
• 三、輔導培訓組，分四科辦事。
• 四、稽核檢查組，分四科辦事。
• 五、法規及國合組，分三科辦事。
• 六、秘書室，分二科辦事。
• 七、人事室。
• 八、政風室。
• 九、主計室。

綜合規劃組掌理事項如下：

• 一、國家資通安全政策之研擬、規劃及執行。
• 二、國家資通安全計畫與資源分配之規劃、協調、推動及督導考核。
• 三、本署年度施政計畫、中程施政計畫與個案計畫之規劃、執行及管考。
• 四、政府機關（構）資通安全與人力配置之統籌規劃、協調及推動。
• 五、政府機關（構）與公營事業機構資通安全業務之評鑑及考核。
• 六、本署業務績效之評估及考核。
• 七、本署資訊應用環境之推動及管理。
• 八、其他有關綜合規劃事項。

通報應變組掌理事項如下：

• 一、資通安全事件之通報應變及績效評估。
• 二、資通安全威脅偵測與防禦機制之規劃及推動。
• 三、國家資通安全情資分享機制之規劃及推動。
• 四、資通安全事件鑑識工作之協調。
• 五、科技犯罪偵查之支援及協調。
• 六、資通安全威脅情勢之研究及分析。
• 七、其他有關資通安全通報應變事項。

輔導培訓組掌理事項如下：

• 一、資通安全治理成熟度評核制度之規劃、輔導及推動。
• 二、關鍵基礎設施資通安全管理與防護機制之規劃、推動及執行。
• 三、資通安全人力培訓之規劃及推動。
• 四、資通安全職能基準之規劃、推動及執行。
• 五、政府特定資通安全訓練機構與師資培訓規範之規劃、研擬及審查。
• 六、資通安全認知普及化與推廣策略之規劃及推動。
• 七、其他有關資通安全輔導培訓事項。

稽核檢查組掌理事項如下：

• 一、資通安全管理法規範對象稽核之規劃及推動。
• 二、政府機關（構）委外廠商與特定專案資通安全相關稽核之規劃及推動。
• 三、資通安全技術檢測之規劃及推動。
• 四、資通安全攻防演練之規劃、協調及績效評估。
• 五、其他有關資通安全稽核檢查事項。

法規及國合組掌理事項如下：

• 一、資通安全法規之規劃、推動及協調。
• 二、國際資通安全法規、政策及組織之研析。
• 三、國際資通安全事務合作策略之規劃及推動。
• 四、駐外館處資通安全稽核之協助及績效評估。
• 五、跨國資通安全攻防演練之規劃及協調。
• 六、其他有關法規及國際合作事項。

秘書室掌理事項如下：

• 一、印信典守及文書、檔案之管理。
• 二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。
• 三、本署辦公廳舍等不動產之取得及管理配置。
• 四、工友（含技工、駕駛）之管理。
• 五、國會與地方聯絡、媒體公關事務政策之規劃、研擬、執行及管考。
• 六、不屬其他各組、室事項。

人事室掌理本署人事事項。

政風室掌理本署政風事項。

主計室掌理本署歲計、會計及統計事項。