數位發展部置部長1人，綜理部務，並指揮、監督所屬職員及機關；政務次長2人、常務次長1人，襄助部長處理部務；主任秘書1人。
組織下設有6個業務單位、6個輔助單位及2個三級機關，監督1個行政法人及主管3個財團法人。
